雖然與實驗室使用的眾多的分析儀器相比，自動進樣瓶看似無關緊要的，但進樣瓶或蓋、墊的錯誤使用卻會給實驗帶來重大影響，導致實驗效率和重復性的降低。錯誤使用
樣品瓶/蓋/隔墊可能導致的潛在問題包括：
•揮發導致的分析物損失
•溶劑與隔墊作用產生的色譜雜峰
•自動進樣器的機械損壞
•樣品降解
•進樣重復性差等
樣品瓶的材質：
大部分的瓶均是由玻璃制成，講到這個材質的時候首先要講一下線性膨脹系數，指溫度每改變一度，玻璃長度的改變。簡而言之，就是玻璃對劇烈溫度變化的承受能力。線性膨脹系數越低，玻璃可承受的溫度變化就越大。
實驗室玻璃的分類是USP（美國藥典）根據其耐水性制定的。
USPType1,*,33硼硅酸鹽玻璃是化學性質惰性的玻璃，廣泛應用于實驗室，尤其是色譜分析應用。I級玻璃主要由硅和氧組成，含有微量的硼和鈉。其溶出性低，線性膨脹系數為33。
USPType1,B級,51硼硅酸鹽玻璃主要由硅和氧組成，含有微量的硼、鈉和比*玻璃含量多的堿金屬，但仍可滿足實驗室用途。所有的棕色玻璃都是B級玻璃，其線性膨脹系數為51。
硅烷化或去活玻璃是經過對玻璃表面進行有機硅烷化的去活處理的硼硅酸鹽玻璃，其玻璃表面具有很強的疏水性和惰性，適用于對pH敏感的化合物、痕量分析和長期樣品儲存。
USPTypesII,III和NP鈉鈣玻璃，化學耐受性不如硼硅酸鹽玻璃。
除了玻璃材質以外，還有一些其它材質：
聚丙烯（Polypropylene，PP）是一種堅硬的材料，可加工成多種顏色并有良好的化學耐受性，適于大部分實驗室化學物質的短期儲存。當使用芳香烴或鹵代烴時其耐受性隨時間減弱。由于離子含量低并可用稀酸和去離子水清洗，PP瓶常用于離子色譜。由于密封后可被直接焚燒處理，所以PP瓶也減小了有害物質的暴露。
聚甲基戊烯(Polymethylpentene，TPX)是一種堅硬、透明的材料，熔點較高，使用范圍0°-170°C.由于透明度高，TPX瓶可替代不透明的PP。其化學耐受性與PP類似，TPX瓶通常用于需要目測樣品或高溫使用的情況下。TPX瓶在室溫下較脆。
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